Vekovima je vodeni tok Dunava uticao na biljni i životinjski svet ovog područja. Bogat biljni svet u šumama pored obale osiguravao je skrovište i hranu za raznovrsni životinjski svet.
Nakon prolecnih poplava, vegetacija počinje da buja. Prvobitno se pojavljaje žuti iris i visibaba. Na rečnim nanosima pojavljuje se kopriva i kupina. Na samoj obali Dunava karakteristične su biljne zajednice bele vrbe koje sa svojim vidljivim korenjem jasno potvrđuju neumoljivu snagu reke. U blizini vodenih površina ovog područja tipične su šume jablana. Dalje od vodenih površina dominiraju šume hrasta, jasena i bresta. Na delovima koji su retko pod vodom nalazimo, inače retke primerke crnog gloga.
Šumska fauna obuhvata jelene, srne, divlje svinje, lisice, ježeve, jazavce, divlje mačke… Populacija jelena obezbedila je svetsku slavu ovom području zahvaljujući impresivnim rogovima jelena kapitalaca.
Brojne vrste prica nastanjuju Gemenc: rode, sive čaplje, soko, livadski orao, orao belorepan, jastreb, slavuj. U proleće ovde se nastanjuju laste. Brojne kolonije sive čaplje hrane se ribom koje ima u izobilju. Jedno od najvećih jezera Gemenca - Deči Holt Dunav nastanjuje bela čaplja. Noću se na ovom prostoru oglašava sova, a ujutru se čuje kucanje detlića.
U Gemencu se susreću i raznovrsni vodozemci i gmizavci.
Stanovnici vodenih površina su raznovrsne riblje vrste.
Gemenc je dom za 13 različitih zaštićenih vrsta leptira.