Kao sastavni deo plavnog područja Dunava, Specijalčni rezervat prirode “Gornje Podunavlje” predstavlja zasebnu celinu sa specifičnim biogeografskim položajem, hidrografijom, geološkom i pedološkom podlogom i klimom, koji su   uslovili jedinstvenost i bogatsvto ekosistemskog i specijskog diverziteta.
floristički, “Gornje Podunavlje” je jedno od  bogatijih područja Srbije.   Utvrđeno je oko 1000 taksona vaskularne flore što u odnosu na nacionalnu floru predstavlja 28,1% od utvrđenog broja.  U odnosu na floru Srbije, u ovom delu Podunavlja raste 23 % biljnih vrsta. Vrste Eranthis hyemalis, Ranunculus linqua, Hottonia palustris i Hippuris vulgaris obrađene su Crvenoj knjizi flore Srbije1 kao  iščezli i krajnje ugroženi taksoni (Stevanović,1999). Preko 30 vrsta nalazi se na Preliminarnoj listi flore Srbije, kao prirodne retkosti (Uredba o zaštiti prirodnih retkosti, 1993). Pod zaštitom države nalazi se 25 vrsta: Ophioglossum vulgatum, Acorus calamus, Adonis vernalis, Allium atroviolaceum, Blackstonia perfoliata, Cirsium brachycephalum, Cyperus logus, Dactylorhiza incarnata, Centaurea scabiosa subsp. sadleriana, Crataegus nigra, Roripa kerneri, Ranunculus ophioglossifolis, Orchis purpurea, Orchis laxiflora, Iris spuria, Iris variegata, Hottonia palustris, Nymphaea alba, Nuphar luteum, Eranthis hyemalis, Hippuris vulgaris, Trapa longicarpa, Salvia austriaca, Prunus frutica (Stojšić, u ed. Kovačević i dr., 2001; Panjković).
Za floru ovog područja značajne su vrste uskog areala panonskog i pontsko-panonskog flornog obeležja, naročito panonski endemi i subendemi,  zatim subatlantske, submediteranske i najbrojnije srednjeevropske  i evropske vrste od kojih su mnoge  reliktnog kraktera, a zadržale su se u fragilnim ekosistemima, kao što su vode, ritovi, močvare, vlažne livade, slatine i ritske šume. Pored sastojina vodene i močvarne vegetacije u ritu, konstatovane su i vodene i močvarne sastojine na zaslanjenim depresijama i barama, zatim sastojine livadske vegetacije, od vlažnih livada, preko fragmentarnih ostataka stepe do slatinske vegetacije na podlozi tipa solonjeca, kao i različiti tipovi šumske vegetacije od poplavnih ritskih do nizijskih šuma. Prisustvo nitrofilne i travnjačke vegetacije ukazuje na prisustvo većeg broja divljači i uticaj čoveka. Vegetacija područja, u fitocenološkom pogledu obuhvata 14 vegetacijskih klasa, 18 redova, 23 sveze i 53 biljne zajednice. Do sada je zabeleženo 160 različitih sintaksonimskih jedinica. Zajednice zeljastog tipa (herbosa) dominiraju (40 zajednica ili 75,5 %), dok su šumske i žbunaste formacije (lignosa) sa 13 zajednica (24,5 %) znatno slabije zastupljene. Većina zajednica je primarnog karaktera, što ilustruje značajan botanički diverzitet (Panjković,u ed. Kovačević i dr., 2000).