Na području Gornjeg Podunavlja vlada umereno – kontinentalna klima, odnosno panonska klima semiaridnog tipa. Na mezoklimu znatno utiče reka Dunav, odnosno klima pripada podunavskom klimatskom tipu kojeg karakterišu svežije srednje julske temperature, blaže srednje januarske temperature, niže temperaturne oscilacije tokom godine i najveća količina padavina u Bačkoj (625 do 724 mm). Na mikroklimu rezervata značajno utiče šumska vegetacija, koja zauzima oko 49 % prostora i utiče na insolaciju, brzinu vetra, isparavanje, vlažnost vazduha i smanjuje temperaturnu amplitudu, dok vegetacija zeljastog tipa pojačava vlažnost vazduha u vegetacionom periodu.
Najbliža meteorološka stanica je u Somboru. Prema njenim podacima za period od 1971. do 1990. godine, prosečne temperature vazduha kreću se od najnižih u januaru (-0,6ºC), do najviših (21,7ºC) u julu. Temperaturna amplituda iznosi 22,3ºC. Prosečna temperatura vazduha u vegetacionom periodu iznosi 18ºC. Dominantni su severni vetrovi, sa srednjom vrednošću javljanja od 140 ‰, a najčešće duvaju u toku zime, proleća i jeseni. Srednja vrednost vlažnosti vazduha za vegetacioni period iznosi 70 %. Vlažnost vazduha kreće se od 68 % u maju i julu do 86 % u decembru, dok srednja godišnja vrednost vlažnosti vazduha iznosi 75 %. Srednja godišnja oblačnost iznosi 57 %, a srednja oblačnost za vegetacioni period iznosi 50 %. Prosečna godišnja suma insolacije iznosi 1929,6 časova. Prosečno trajanje insolacije za vegetacioni period iznosi 1342,2 časa ili 69,56 % od ukupne godišnje sume. Analizom rasporeda sume padavina tokom godine uočavaju se  dva maksimuma i minimuma. Najviše padavina je krajem proleća i početkom leta, kao i u drugoj polovini jeseni sa najviše padavina javlja u novembru. U vegetacionom periodu padne 337 mm taloga, odnosno  raspored padavina je povoljan jer se u vegetacionom periodu izluči 59 % godišnjih padavina (Stojanović, 2001).Po Langovoj klimatskoj klasifikaciji vrednost kišnog faktora za Sombor (KF=51,26) ukazuje na stepsku klimu (KF=40–60), dok je  u Apatinu (KF=64,14) izražena klima niskih šuma (KF=60–100), odnosno područje ima humidnu klimu (KF=40–160). Prema klasifikaciji Gračanina, humiditet klime  područja Sombora i Apatina, nalazi se na granici između klimata semiaridne (KF=40–60) i semihumidne klime (60–80). Na području nema pojava jake suše, a period umerene suše je u toku leta. Na osnovu Gračaninove klasifikacije toplotnog karaktera klima  područja je umereno topla (8–12°C), a u vegetacionom periodu je topla.